સમાચાર

છેલ્લા દાયકામાં, કેન્સર સંશોધન અને ક્લિનિકલ પ્રેક્ટિસમાં જનીન સિક્વન્સિંગ ટેકનોલોજીનો વ્યાપકપણે ઉપયોગ થયો છે, જે કેન્સરની પરમાણુ લાક્ષણિકતાઓને ઉજાગર કરવા માટે એક મહત્વપૂર્ણ સાધન બની ગયું છે. પરમાણુ નિદાન અને લક્ષિત ઉપચારમાં પ્રગતિએ ગાંઠ ચોકસાઇ ઉપચાર ખ્યાલોના વિકાસને પ્રોત્સાહન આપ્યું છે અને ગાંઠ નિદાન અને સારવારના સમગ્ર ક્ષેત્રમાં મોટા ફેરફારો લાવ્યા છે. આનુવંશિક પરીક્ષણનો ઉપયોગ કેન્સરના જોખમને ચેતવણી આપવા, સારવારના નિર્ણયોને માર્ગદર્શન આપવા અને પૂર્વસૂચનનું મૂલ્યાંકન કરવા માટે થઈ શકે છે, અને તે દર્દીના ક્લિનિકલ પરિણામોને સુધારવા માટે એક મહત્વપૂર્ણ સાધન છે. અહીં, અમે કેન્સર નિદાન અને સારવારમાં આનુવંશિક પરીક્ષણના ઉપયોગની સમીક્ષા કરવા માટે CA કેન્સર જે ક્લિન, JCO, એન ઓન્કોલ અને અન્ય જર્નલમાં પ્રકાશિત થયેલા તાજેતરના લેખોનો સારાંશ આપીએ છીએ.

સોમેટિક મ્યુટેશન અને જર્મલાઇન મ્યુટેશન. સામાન્ય રીતે, કેન્સર ડીએનએ મ્યુટેશનને કારણે થાય છે જે માતાપિતા પાસેથી વારસામાં મળી શકે છે (જર્મલાઇન મ્યુટેશન) અથવા ઉંમર સાથે પ્રાપ્ત થઈ શકે છે (સોમેટિક મ્યુટેશન). જર્મલાઇન મ્યુટેશન જન્મથી જ હાજર હોય છે, અને મ્યુટેટર સામાન્ય રીતે શરીરના દરેક કોષના ડીએનએમાં મ્યુટેશન વહન કરે છે અને સંતાનોમાં પસાર થઈ શકે છે. સોમેટિક મ્યુટેશન બિન-ગેમેટિક કોષોમાં વ્યક્તિઓ દ્વારા પ્રાપ્ત થાય છે અને સામાન્ય રીતે સંતાનોમાં પસાર થતા નથી. જર્મલાઇન અને સોમેટિક મ્યુટેશન બંને કોષોની સામાન્ય કાર્યાત્મક પ્રવૃત્તિને નષ્ટ કરી શકે છે અને કોષોના મલિગ્નન્ટ રૂપાંતર તરફ દોરી શકે છે. સોમેટિક મ્યુટેશન એ જીવલેણતાનું મુખ્ય ડ્રાઇવર છે અને ઓન્કોલોજીમાં સૌથી આગાહી કરનાર બાયોમાર્કર છે; જો કે, લગભગ 10 થી 20 ટકા ગાંઠના દર્દીઓમાં જર્મલાઇન મ્યુટેશન હોય છે જે તેમના કેન્સરનું જોખમ નોંધપાત્ર રીતે વધારે છે, અને આમાંના કેટલાક મ્યુટેશન ઉપચારાત્મક પણ છે.
ડ્રાઇવર મ્યુટેશન અને પેસેન્જર મ્યુટેશન. બધા ડીએનએ વેરિઅન્ટ્સ કોષ કાર્યને અસર કરતા નથી; સામાન્ય કોષ અધોગતિને ટ્રિગર કરવા માટે સરેરાશ પાંચથી દસ જીનોમિક ઘટનાઓ, જેને "ડ્રાઇવર મ્યુટેશન" તરીકે ઓળખવામાં આવે છે, લાગે છે. ડ્રાઇવર મ્યુટેશન ઘણીવાર કોષ જીવન પ્રવૃત્તિઓ સાથે નજીકથી સંબંધિત જનીનોમાં થાય છે, જેમ કે કોષ વૃદ્ધિ નિયમન, ડીએનએ રિપેર, કોષ ચક્ર નિયંત્રણ અને અન્ય જીવન પ્રક્રિયાઓમાં સામેલ જનીનો, અને ઉપચારાત્મક લક્ષ્યો તરીકે ઉપયોગ કરવાની ક્ષમતા ધરાવે છે. જો કે, કોઈપણ કેન્સરમાં મ્યુટેશનની કુલ સંખ્યા ઘણી મોટી હોય છે, કેટલાક સ્તન કેન્સરમાં થોડા હજારથી લઈને કેટલાક અત્યંત પરિવર્તનશીલ કોલોરેક્ટલ અને એન્ડોમેટ્રાયલ કેન્સરમાં 100,000 થી વધુ સુધી. મોટાભાગના મ્યુટેશનનું કોઈ અથવા મર્યાદિત જૈવિક મહત્વ હોતું નથી, ભલે પરિવર્તન કોડિંગ ક્ષેત્રમાં થાય, આવી નજીવી મ્યુટેશનલ ઘટનાઓને "પેસેન્જર મ્યુટેશન" કહેવામાં આવે છે. જો કોઈ ચોક્કસ ગાંઠ પ્રકારના જનીન વેરિઅન્ટ સારવાર પ્રત્યે તેની પ્રતિક્રિયા અથવા પ્રતિકારની આગાહી કરે છે, તો તે વેરિઅન્ટને ક્લિનિકલી ઓપરેબલ માનવામાં આવે છે.
ઓન્કોજીન્સ અને ટ્યુમર સપ્રેસર જનીનો. કેન્સરમાં વારંવાર પરિવર્તિત થતા જનીનોને આશરે બે શ્રેણીઓમાં વિભાજિત કરી શકાય છે, ઓન્કોજીન્સ અને ટ્યુમર સપ્રેસર જનીનો. સામાન્ય કોષોમાં, ઓન્કોજીન્સ દ્વારા એન્કોડ કરાયેલ પ્રોટીન મુખ્યત્વે કોષ પ્રસારને પ્રોત્સાહન આપવાની અને કોષ એપોપ્ટોસિસને અટકાવવાની ભૂમિકા ભજવે છે, જ્યારે ઓન્કોસપ્રેસર જનીનો દ્વારા એન્કોડ કરાયેલ પ્રોટીન મુખ્યત્વે સામાન્ય કોષ કાર્ય જાળવવા માટે કોષ વિભાજનને નકારાત્મક રીતે નિયંત્રિત કરવા માટે જવાબદાર છે. જીવલેણ પરિવર્તન પ્રક્રિયામાં, જીનોમિક પરિવર્તન ઓન્કોજીન પ્રવૃત્તિમાં વધારો અને ઓન્કોસપ્રેસર જનીન પ્રવૃત્તિમાં ઘટાડો અથવા નુકસાન તરફ દોરી જાય છે.
નાના ભિન્નતા અને માળખાકીય ભિન્નતા. જીનોમમાં આ બે મુખ્ય પ્રકારના પરિવર્તન છે. નાના ભિન્નતાઓ બેઝ ઇન્સર્ટેશન, ડિલીટેશન, ફ્રેમશિફ્ટ, સ્ટાર્ટ કોડોન લોસ, સ્ટોપ કોડોન લોસ મ્યુટેશન વગેરે સહિત નાની સંખ્યામાં બેઝ બદલીને, ડિલીટ કરીને અથવા ઉમેરીને ડીએનએમાં ફેરફાર કરે છે. સ્ટ્રક્ચરલ ભિન્નતા એ એક મોટી જીનોમ પુનઃરચના છે, જેમાં થોડા હજાર બેઝથી લઈને મોટાભાગના રંગસૂત્ર સુધીના જનીન સેગમેન્ટ્સનો સમાવેશ થાય છે, જેમાં જનીન કોપી નંબરમાં ફેરફાર, રંગસૂત્ર ડિલીટેશન, ડુપ્લિકેશન, ઇન્વર્ઝન અથવા ટ્રાન્સલોકેશનનો સમાવેશ થાય છે. આ પરિવર્તન પ્રોટીન કાર્યમાં ઘટાડો અથવા વધારો કરી શકે છે. વ્યક્તિગત જનીનોના સ્તરે ફેરફારો ઉપરાંત, જીનોમિક હસ્તાક્ષરો પણ ક્લિનિકલ સિક્વન્સિંગ રિપોર્ટ્સનો ભાગ છે. જીનોમિક હસ્તાક્ષરોને નાના અને/અથવા માળખાકીય ભિન્નતાના જટિલ પેટર્ન તરીકે જોઈ શકાય છે, જેમાં ટ્યુમર મ્યુટેશન લોડ (TMB), માઇક્રોસેટેલાઇટ ઇન્સ્ટેબિલિટી (MSI) અને હોમોલોગસ રિકોમ્બિનેશન ખામીઓનો સમાવેશ થાય છે.

ક્લોનલ મ્યુટેશન અને સબક્લોનલ મ્યુટેશન. ક્લોનલ મ્યુટેશન બધા ગાંઠ કોષોમાં હાજર હોય છે, નિદાન સમયે હાજર હોય છે, અને સારવાર આગળ વધ્યા પછી પણ હાજર રહે છે. તેથી, ક્લોનલ મ્યુટેશનનો ઉપયોગ ગાંઠ ઉપચારાત્મક લક્ષ્યો તરીકે થવાની સંભાવના છે. સબક્લોનલ મ્યુટેશન ફક્ત કેન્સર કોષોના સબસેટમાં હાજર હોય છે અને નિદાનની શરૂઆતમાં શોધી શકાય છે, પરંતુ ત્યારબાદના પુનરાવર્તન સાથે અદૃશ્ય થઈ જાય છે અથવા સારવાર પછી જ દેખાય છે. કેન્સર વિજાતીયતા એ એક જ કેન્સરમાં બહુવિધ સબક્લોનલ મ્યુટેશનની હાજરીનો ઉલ્લેખ કરે છે. નોંધનીય છે કે, તમામ સામાન્ય કેન્સર પ્રજાતિઓમાં મોટાભાગના ક્લિનિકલી નોંધપાત્ર ડ્રાઇવર મ્યુટેશન ક્લોનલ મ્યુટેશન હોય છે અને કેન્સરની પ્રગતિ દરમિયાન સ્થિર રહે છે. પ્રતિકાર, જે ઘણીવાર સબક્લોન્સ દ્વારા મધ્યસ્થી કરવામાં આવે છે, નિદાન સમયે શોધી શકાતું નથી પરંતુ જ્યારે તે સારવાર પછી ફરીથી થાય છે ત્યારે દેખાય છે.

રંગસૂત્ર સ્તરે ફેરફારો શોધવા માટે પરંપરાગત તકનીક FISH અથવા સેલ કેરીયોટાઇપનો ઉપયોગ થાય છે. FISH નો ઉપયોગ જનીન ફ્યુઝન, ડિલીશન અને એમ્પ્લીફિકેશન શોધવા માટે થઈ શકે છે, અને આવા પ્રકારોને શોધવા માટે "ગોલ્ડ સ્ટાન્ડર્ડ" માનવામાં આવે છે, ઉચ્ચ ચોકસાઈ અને સંવેદનશીલતા સાથે પરંતુ મર્યાદિત થ્રુપુટ સાથે. કેટલાક હેમેટોલોજિક મેલિગ્નન્સીમાં, ખાસ કરીને તીવ્ર લ્યુકેમિયામાં, કેરીયોટાઇપિંગનો ઉપયોગ હજુ પણ નિદાન અને પૂર્વસૂચનને માર્ગદર્શન આપવા માટે થાય છે, પરંતુ આ તકનીક ધીમે ધીમે FISH, WGS અને NGS જેવા લક્ષિત મોલેક્યુલર એસેસ દ્વારા બદલવામાં આવી રહી છે.
વ્યક્તિગત જનીનોમાં થતા ફેરફારો PCR દ્વારા શોધી શકાય છે, રીઅલ-ટાઇમ PCR અને ડિજિટલ ડ્રોપ PCR બંને. આ તકનીકોમાં ઉચ્ચ સંવેદનશીલતા હોય છે, ખાસ કરીને નાના અવશેષ જખમોની શોધ અને દેખરેખ માટે યોગ્ય છે, અને પ્રમાણમાં ટૂંકા સમયમાં પરિણામો મેળવી શકે છે, ગેરલાભ એ છે કે શોધ શ્રેણી મર્યાદિત છે (સામાન્ય રીતે ફક્ત એક અથવા થોડા જનીનોમાં પરિવર્તન શોધી શકાય છે), અને બહુવિધ પરીક્ષણો કરવાની ક્ષમતા મર્યાદિત છે.
ઇમ્યુનોહિસ્ટોકેમિસ્ટ્રી (IHC) એ પ્રોટીન-આધારિત મોનિટરિંગ ટૂલ છે જેનો ઉપયોગ સામાન્ય રીતે ERBB2 (HER2) અને એસ્ટ્રોજન રીસેપ્ટર્સ જેવા બાયોમાર્કર્સની અભિવ્યક્તિ શોધવા માટે થાય છે. IHC નો ઉપયોગ ચોક્કસ પરિવર્તિત પ્રોટીન (જેમ કે BRAF V600E) અને ચોક્કસ જનીન ફ્યુઝન (જેમ કે ALK ફ્યુઝન) શોધવા માટે પણ થઈ શકે છે. IHC નો ફાયદો એ છે કે તેને નિયમિત પેશી વિશ્લેષણ પ્રક્રિયામાં સરળતાથી સંકલિત કરી શકાય છે, તેથી તેને અન્ય પરીક્ષણો સાથે જોડી શકાય છે. વધુમાં, IHC સબસેલ્યુલર પ્રોટીન સ્થાનિકીકરણ પર માહિતી પ્રદાન કરી શકે છે. ગેરફાયદા મર્યાદિત સ્કેલેબિલિટી અને ઉચ્ચ સંગઠનાત્મક માંગ છે.
સેકન્ડ-જનરેશન સિક્વન્સિંગ (NGS) NGS DNA અને/અથવા RNA સ્તરે ભિન્નતા શોધવા માટે હાઇ-થ્રુપુટ સમાંતર સિક્વન્સિંગ તકનીકોનો ઉપયોગ કરે છે. આ તકનીકનો ઉપયોગ સમગ્ર જીનોમ (WGS) અને રસ ધરાવતા જનીન ક્ષેત્રો બંનેને સિક્વન્સ કરવા માટે થઈ શકે છે. WGS સૌથી વ્યાપક જીનોમિક પરિવર્તન માહિતી પ્રદાન કરે છે, પરંતુ તેના ક્લિનિકલ ઉપયોગ માટે ઘણા અવરોધો છે, જેમાં તાજા ગાંઠ પેશીના નમૂનાઓની જરૂરિયાત (WGS હજુ સુધી ફોર્મેલિન-સ્થિર નમૂનાઓનું વિશ્લેષણ કરવા માટે યોગ્ય નથી) અને ઊંચી કિંમતનો સમાવેશ થાય છે.
લક્ષિત NGS સિક્વન્સિંગમાં આખા એક્સોન સિક્વન્સિંગ અને ટાર્ગેટ જનીન પેનલનો સમાવેશ થાય છે. આ પરીક્ષણોમાં DNA પ્રોબ્સ અથવા PCR એમ્પ્લીફિકેશન દ્વારા રસ ધરાવતા ક્ષેત્રોને સમૃદ્ધ બનાવવામાં આવે છે, જેના કારણે જરૂરી સિક્વન્સિંગની માત્રા મર્યાદિત થાય છે (આખું એક્સોમ જીનોમનો 1 થી 2 ટકા બનાવે છે, અને 500 જનીનો ધરાવતા મોટા પેનલ પણ જીનોમનો માત્ર 0.1 ટકા બનાવે છે). જોકે આખા એક્સોન સિક્વન્સિંગ ફોર્મેલિન-ફિક્સ્ડ પેશીઓમાં સારું પ્રદર્શન કરે છે, તેમ છતાં તેની કિંમત ઊંચી રહે છે. ટાર્ગેટ જનીન સંયોજનો પ્રમાણમાં આર્થિક છે અને પરીક્ષણ માટે જનીનો પસંદ કરવામાં લવચીકતા આપે છે. વધુમાં, ફરતા મુક્ત DNA (cfDNA) કેન્સરના દર્દીઓના જીનોમિક વિશ્લેષણ માટે એક નવા વિકલ્પ તરીકે ઉભરી રહ્યું છે, જેને લિક્વિડ બાયોપ્સી તરીકે ઓળખવામાં આવે છે. કેન્સર કોષો અને સામાન્ય કોષો બંને લોહીના પ્રવાહમાં DNA મુક્ત કરી શકે છે, અને કેન્સર કોષોમાંથી નીકળતા DNA ને ફરતા ગાંઠ DNA (ctDNA) કહેવામાં આવે છે, જેનું વિશ્લેષણ ગાંઠ કોષોમાં સંભવિત પરિવર્તન શોધવા માટે કરી શકાય છે.
પરીક્ષણની પસંદગી કઈ ચોક્કસ ક્લિનિકલ સમસ્યાને સંબોધિત કરવાની છે તેના પર આધાર રાખે છે. માન્ય ઉપચાર સાથે સંકળાયેલા મોટાભાગના બાયોમાર્કર્સ FISH, IHC અને PCR તકનીકો દ્વારા શોધી શકાય છે. આ પદ્ધતિઓ ઓછી માત્રામાં બાયોમાર્કર્સ શોધવા માટે વાજબી છે, પરંતુ તેઓ વધતા થ્રુપુટ સાથે શોધની કાર્યક્ષમતામાં સુધારો કરતા નથી, અને જો ઘણા બધા બાયોમાર્કર્સ શોધી કાઢવામાં આવે છે, તો શોધ માટે પૂરતા પેશીઓ ન પણ હોય. કેટલાક ચોક્કસ કેન્સરમાં, જેમ કે ફેફસાના કેન્સરમાં, જ્યાં પેશીઓના નમૂના મેળવવા મુશ્કેલ હોય છે અને પરીક્ષણ કરવા માટે બહુવિધ બાયોમાર્કર્સ હોય છે, NGS નો ઉપયોગ કરવો એ વધુ સારો વિકલ્પ છે. નિષ્કર્ષમાં, પરીક્ષણની પસંદગી દરેક દર્દી માટે પરીક્ષણ કરવાના બાયોમાર્કર્સની સંખ્યા અને બાયોમાર્કર માટે પરીક્ષણ કરવાના દર્દીઓની સંખ્યા પર આધાર રાખે છે. કેટલાક કિસ્સાઓમાં, IHC/FISH નો ઉપયોગ પૂરતો છે, ખાસ કરીને જ્યારે લક્ષ્ય ઓળખી કાઢવામાં આવ્યું હોય, જેમ કે સ્તન કેન્સરના દર્દીઓમાં એસ્ટ્રોજન રીસેપ્ટર્સ, પ્રોજેસ્ટેરોન રીસેપ્ટર્સ અને ERBB2 ની શોધ. જો જીનોમિક પરિવર્તનનું વધુ વ્યાપક સંશોધન અને સંભવિત ઉપચારાત્મક લક્ષ્યોની શોધ જરૂરી હોય, તો NGS વધુ વ્યવસ્થિત અને ખર્ચ-અસરકારક છે. વધુમાં, જ્યાં IHC/FISH પરિણામો અસ્પષ્ટ અથવા અનિર્ણિત હોય તેવા કિસ્સાઓમાં NGS ને ધ્યાનમાં લઈ શકાય છે.

વિવિધ માર્ગદર્શિકાઓ માર્ગદર્શન આપે છે કે કયા દર્દીઓ આનુવંશિક પરીક્ષણ માટે લાયક હોવા જોઈએ. 2020 માં, ESMO પ્રિસિઝન મેડિસિન વર્કિંગ ગ્રુપે એડવાન્સ્ડ કેન્સર ધરાવતા દર્દીઓ માટે પ્રથમ NGS પરીક્ષણ ભલામણો જારી કરી, જેમાં એડવાન્સ્ડ નોન-સ્ક્વામસ નોન-સ્મોલ સેલ ફેફસાના કેન્સર, પ્રોસ્ટેટ કેન્સર, કોલોરેક્ટલ કેન્સર, પિત્ત નળી કેન્સર અને અંડાશયના કેન્સરના ગાંઠના નમૂનાઓ માટે નિયમિત NGS પરીક્ષણની ભલામણ કરવામાં આવી, અને 2024 માં, ESMO એ આ આધારે અપડેટ કર્યું, સ્તન કેન્સર અને દુર્લભ ગાંઠોનો સમાવેશ કરવાની ભલામણ કરી. જેમ કે ગેસ્ટ્રોઇન્ટેસ્ટાઇનલ સ્ટ્રોમલ ગાંઠો, સાર્કોમા, થાઇરોઇડ કેન્સર અને અજાણ્યા મૂળના કેન્સર.
2022 માં, મેટાસ્ટેટિક અથવા એડવાન્સ્ડ કેન્સર ધરાવતા દર્દીઓમાં સોમેટિક જીનોમ પરીક્ષણ પર ASCO ના ક્લિનિકલ ઓપિનિયન જણાવે છે કે જો મેટાસ્ટેટિક અથવા એડવાન્સ્ડ સોલિડ ટ્યુમર ધરાવતા દર્દીઓમાં બાયોમાર્કર સંબંધિત ઉપચાર મંજૂર કરવામાં આવે છે, તો આ દર્દીઓ માટે આનુવંશિક પરીક્ષણની ભલામણ કરવામાં આવે છે. ઉદાહરણ તરીકે, BRAF V600E પરિવર્તન માટે સ્ક્રીનીંગ કરવા માટે મેટાસ્ટેટિક મેલાનોમા ધરાવતા દર્દીઓમાં જીનોમિક પરીક્ષણ કરવું જોઈએ, કારણ કે આ સંકેત માટે RAF અને MEK અવરોધકોને મંજૂરી આપવામાં આવી છે. વધુમાં, જો દર્દીને આપવામાં આવતી દવા માટે પ્રતિકારનું સ્પષ્ટ માર્કર હોય તો આનુવંશિક પરીક્ષણ પણ કરવું જોઈએ. ઉદાહરણ તરીકે, Egfrmab, KRAS મ્યુટન્ટ કોલોરેક્ટલ કેન્સરમાં બિનઅસરકારક છે. જનીન સિક્વન્સિંગ માટે દર્દીની યોગ્યતાને ધ્યાનમાં લેતી વખતે, દર્દીની શારીરિક સ્થિતિ, સહ-રોગ અને ગાંઠના તબક્કાને એકીકૃત કરવું જોઈએ, કારણ કે જીનોમ સિક્વન્સિંગ માટે જરૂરી પગલાંઓની શ્રેણી, જેમાં દર્દીની સંમતિ, પ્રયોગશાળા પ્રક્રિયા અને સિક્વન્સિંગ પરિણામોનું વિશ્લેષણ શામેલ છે, દર્દીને પર્યાપ્ત શારીરિક ક્ષમતા અને આયુષ્ય હોવું જરૂરી છે.
સોમેટિક મ્યુટેશન ઉપરાંત, કેટલાક કેન્સરનું જર્મલાઇન જનીનો માટે પણ પરીક્ષણ કરવું જોઈએ. જર્મલાઇન મ્યુટેશન માટે પરીક્ષણ સ્તન, અંડાશય, પ્રોસ્ટેટ અને સ્વાદુપિંડના કેન્સરમાં BRCA1 અને BRCA2 મ્યુટેશન જેવા કેન્સર માટે સારવારના નિર્ણયોને પ્રભાવિત કરી શકે છે. જર્મલાઇન મ્યુટેશન ભવિષ્યમાં કેન્સર સ્ક્રીનીંગ અને દર્દીઓમાં નિવારણ માટે પણ અસરો કરી શકે છે. જે દર્દીઓ જર્મલાઇન મ્યુટેશન માટે પરીક્ષણ માટે સંભવિત રીતે યોગ્ય છે તેમને ચોક્કસ શરતો પૂરી કરવાની જરૂર છે, જેમાં કેન્સરનો કૌટુંબિક ઇતિહાસ, નિદાન સમયે ઉંમર અને કેન્સરનો પ્રકાર જેવા પરિબળો શામેલ છે. જો કે, જર્મલાઇન લાઇનમાં રોગકારક પરિવર્તન ધરાવતા ઘણા દર્દીઓ (50% સુધી) કૌટુંબિક ઇતિહાસના આધારે જર્મલાઇન મ્યુટેશન માટે પરીક્ષણ માટેના પરંપરાગત માપદંડોને પૂર્ણ કરતા નથી. તેથી, મ્યુટેશન કેરિયર્સની ઓળખને મહત્તમ બનાવવા માટે, નેશનલ કોમ્પ્રીહેન્સિવ કેન્સર નેટવર્ક (NCCN) ભલામણ કરે છે કે સ્તન, અંડાશય, એન્ડોમેટ્રાયલ, સ્વાદુપિંડ, કોલોરેક્ટલ અથવા પ્રોસ્ટેટ કેન્સર ધરાવતા બધા અથવા મોટાભાગના દર્દીઓનું જર્મલાઇન મ્યુટેશન માટે પરીક્ષણ કરવામાં આવે.
આનુવંશિક પરીક્ષણના સમયની વાત કરીએ તો, મોટાભાગના ક્લિનિકલી નોંધપાત્ર ડ્રાઇવર પરિવર્તનો ક્લોનલ હોય છે અને કેન્સરની પ્રગતિ દરમિયાન પ્રમાણમાં સ્થિર હોય છે, તેથી અદ્યતન કેન્સરના નિદાન સમયે દર્દીઓ પર આનુવંશિક પરીક્ષણ કરવું વાજબી છે. અનુગામી આનુવંશિક પરીક્ષણ માટે, ખાસ કરીને મોલેક્યુલર લક્ષિત ઉપચાર પછી, ctDNA પરીક્ષણ ગાંઠ પેશી DNA કરતાં વધુ ફાયદાકારક છે, કારણ કે રક્ત DNA માં બધા ગાંઠના જખમમાંથી DNA હોઈ શકે છે, જે ગાંઠની વિજાતીયતા વિશે માહિતી મેળવવા માટે વધુ અનુકૂળ છે.
સારવાર પછી ctDNA નું વિશ્લેષણ સારવાર માટે ગાંઠના પ્રતિભાવની આગાહી કરી શકે છે અને માનક ઇમેજિંગ પદ્ધતિઓ કરતાં વહેલા રોગની પ્રગતિ ઓળખી શકે છે. જો કે, સારવારના નિર્ણયોને માર્ગદર્શન આપવા માટે આ ડેટાનો ઉપયોગ કરવા માટેના પ્રોટોકોલ સ્થાપિત થયા નથી, અને ક્લિનિકલ ટ્રાયલ સિવાય ctDNA વિશ્લેષણની ભલામણ કરવામાં આવતી નથી. રેડિકલ ટ્યુમર સર્જરી પછી નાના અવશેષ જખમનું મૂલ્યાંકન કરવા માટે ctDNA નો ઉપયોગ પણ થઈ શકે છે. સર્જરી પછી ctDNA પરીક્ષણ એ અનુગામી રોગની પ્રગતિનું મજબૂત આગાહી કરનાર છે અને દર્દીને સહાયક કીમોથેરાપીથી ફાયદો થશે કે નહીં તે નક્કી કરવામાં મદદ કરી શકે છે, પરંતુ સહાયક કીમોથેરાપીના નિર્ણયોને માર્ગદર્શન આપવા માટે ક્લિનિકલ ટ્રાયલ્સની બહાર ctDNA નો ઉપયોગ કરવાની ભલામણ કરવામાં આવતી નથી.

ડેટા પ્રોસેસિંગ જીનોમ સિક્વન્સિંગનું પહેલું પગલું દર્દીના નમૂનાઓમાંથી ડીએનએ કાઢવાનું, લાઇબ્રેરીઓ તૈયાર કરવાનું અને કાચો સિક્વન્સિંગ ડેટા જનરેટ કરવાનું છે. કાચા ડેટા માટે વધુ પ્રક્રિયાની જરૂર પડે છે, જેમાં ઓછી ગુણવત્તાવાળા ડેટાને ફિલ્ટર કરવો, સંદર્ભ જીનોમ સાથે તેની સરખામણી કરવી, વિવિધ વિશ્લેષણાત્મક અલ્ગોરિધમ્સ દ્વારા વિવિધ પ્રકારના પરિવર્તનોને ઓળખવા, પ્રોટીન અનુવાદ પર આ પરિવર્તનોની અસર નક્કી કરવી અને જર્મ લાઇન પરિવર્તનોને ફિલ્ટર કરવું શામેલ છે.
ડ્રાઇવર જનીન એનોટેશન ડ્રાઇવર અને પેસેન્જર મ્યુટેશનને અલગ પાડવા માટે રચાયેલ છે. ડ્રાઇવર મ્યુટેશન ટ્યુમર સપ્રેસર જનીન પ્રવૃત્તિમાં ઘટાડો અથવા વધારો તરફ દોરી જાય છે. ટ્યુમર સપ્રેસર જનીનોના નિષ્ક્રિયકરણ તરફ દોરી જતા નાના પ્રકારોમાં નોનસેન્સ મ્યુટેશન, ફ્રેમશિફ્ટ મ્યુટેશન અને કી સ્પ્લિસિંગ સાઇટ મ્યુટેશન, તેમજ ઓછા વારંવાર સ્ટાર્ટ કોડોન ડિલીશન, સ્ટોપ કોડોન ડિલીશન અને ઇન્ટ્રોન ઇન્સર્શન/ડિલીશન મ્યુટેશનનો સમાવેશ થાય છે. વધુમાં, મિસેન્સ મ્યુટેશન અને નાના ઇન્ટ્રોન ઇન્સર્શન/ડિલીશન મ્યુટેશન મહત્વપૂર્ણ કાર્યાત્મક ડોમેન્સને અસર કરતી વખતે ટ્યુમર સપ્રેસર જનીન પ્રવૃત્તિમાં ઘટાડો તરફ દોરી શકે છે. માળખાકીય પ્રકારો જે ટ્યુમર સપ્રેસર જનીન પ્રવૃત્તિના નુકસાન તરફ દોરી જાય છે તેમાં આંશિક અથવા સંપૂર્ણ જનીન ડિલીશન અને અન્ય જીનોમિક વેરિઅન્ટ્સનો સમાવેશ થાય છે જે જનીન રીડિંગ ફ્રેમના વિનાશ તરફ દોરી જાય છે. નાના પ્રકારો જે ઓન્કોજીન્સના કાર્યમાં વધારો તરફ દોરી જાય છે તેમાં મિસેન્સ મ્યુટેશન અને પ્રસંગોપાત ઇન્ટ્રોન ઇન્સર્શન/ડિલીશનનો સમાવેશ થાય છે જે મહત્વપૂર્ણ પ્રોટીન ફંક્શનલ ડોમેન્સને લક્ષ્ય બનાવે છે. દુર્લભ કિસ્સાઓમાં, પ્રોટીન ટ્રંકેશન અથવા સ્પ્લિસિંગ સાઇટ મ્યુટેશન ઓન્કોજીન્સના સક્રિયકરણ તરફ દોરી શકે છે. ઓન્કોજીન સક્રિયકરણ તરફ દોરી જતા માળખાકીય ભિન્નતામાં જનીન ફ્યુઝન, જનીન ડિલીશન અને જનીન ડુપ્લિકેશનનો સમાવેશ થાય છે.
જીનોમિક ભિન્નતાનું ક્લિનિકલ અર્થઘટન ઓળખાયેલા પરિવર્તનોના ક્લિનિકલ મહત્વનું મૂલ્યાંકન કરે છે, એટલે કે તેમના સંભવિત ડાયગ્નોસ્ટિક, પ્રોગ્નોસ્ટિક અથવા ઉપચારાત્મક મૂલ્યનું. ઘણી પુરાવા-આધારિત ગ્રેડિંગ સિસ્ટમ્સ છે જેનો ઉપયોગ જીનોમિક ભિન્નતાના ક્લિનિકલ અર્થઘટનને માર્ગદર્શન આપવા માટે થઈ શકે છે.
મેમોરિયલ સ્લોન-કેટરિંગ કેન્સર સેન્ટરનો પ્રિસિઝન મેડિસિન ઓન્કોલોજી ડેટાબેઝ (ઓન્કોકેબી) દવાના ઉપયોગ માટે તેમના આગાહી મૂલ્યના આધારે જનીન પ્રકારોને ચાર સ્તરોમાં વર્ગીકૃત કરે છે: સ્તર 1/2, એફડીએ-મંજૂર, અથવા ક્લિનિકલી-માનક બાયોમાર્કર્સ જે માન્ય દવા પ્રત્યે ચોક્કસ સંકેતના પ્રતિભાવની આગાહી કરે છે; સ્તર 3, એફડીએ-મંજૂર અથવા બિન-મંજૂર બાયોમાર્કર્સ જે ક્લિનિકલ ટ્રાયલ્સમાં આશાસ્પદ દર્શાવતી નવી લક્ષિત દવાઓના પ્રતિભાવની આગાહી કરે છે, અને સ્તર 4, બિન-એફડીએ-મંજૂર બાયોમાર્કર્સ જે ક્લિનિકલ ટ્રાયલ્સમાં ખાતરીકારક જૈવિક પુરાવા દર્શાવતી નવી લક્ષિત દવાઓના પ્રતિભાવની આગાહી કરે છે. સારવાર પ્રતિકાર સાથે સંકળાયેલ પાંચમો પેટાજૂથ ઉમેરવામાં આવ્યો હતો.
અમેરિકન સોસાયટી ફોર મોલેક્યુલર પેથોલોજી (AMP)/અમેરિકન સોસાયટી ઓફ ક્લિનિકલ ઓન્કોલોજી (ASCO)/કોલેજ ઓફ અમેરિકન પેથોલોજિસ્ટ્સ (CAP) ની સોમેટિક ભિન્નતાના અર્થઘટન માટેની માર્ગદર્શિકા સોમેટિક ભિન્નતાને ચાર શ્રેણીઓમાં વિભાજીત કરે છે: ગ્રેડ I, મજબૂત ક્લિનિકલ મહત્વ સાથે; ગ્રેડ II, સંભવિત ક્લિનિકલ મહત્વ સાથે; ગ્રેડ III, ક્લિનિકલ મહત્વ અજાણ્યું; ગ્રેડ IV, ક્લિનિકલ મહત્વપૂર્ણ હોવાનું જાણીતું નથી. સારવારના નિર્ણયો માટે ફક્ત ગ્રેડ I અને II પ્રકારો મૂલ્યવાન છે.
ESMO નું મોલેક્યુલર ટાર્ગેટ ક્લિનિકલ ઓપરેબિલિટી સ્કેલ (ESCAT) જનીન પ્રકારોને છ સ્તરોમાં વર્ગીકૃત કરે છે: સ્તર I, નિયમિત ઉપયોગ માટે યોગ્ય લક્ષ્યો; તબક્કો II, એક લક્ષ્ય જેનો હજુ અભ્યાસ ચાલી રહ્યો છે, તેનો ઉપયોગ દર્દીની વસ્તીને સ્ક્રીન કરવા માટે થવાની સંભાવના છે જે લક્ષ્ય દવાથી લાભ મેળવી શકે છે, પરંતુ તેને સમર્થન આપવા માટે વધુ ડેટાની જરૂર છે. ગ્રેડ III, લક્ષિત જનીન પ્રકારો જેણે અન્ય કેન્સર પ્રજાતિઓમાં ક્લિનિકલ લાભ દર્શાવ્યો છે; ગ્રેડ IV, ફક્ત પ્રીક્લિનિકલ પુરાવા દ્વારા સમર્થિત લક્ષિત જનીન પ્રકારો; ગ્રેડ V માં, પરિવર્તનને લક્ષ્ય બનાવવાના ક્લિનિકલ મહત્વને સમર્થન આપવા માટે પુરાવા છે, પરંતુ લક્ષ્ય સામે સિંગલ-ડ્રગ ઉપચાર અસ્તિત્વને લંબાવતો નથી, અથવા સંયોજન સારવાર વ્યૂહરચના અપનાવી શકાય છે; ગ્રેડ X, ક્લિનિકલ મૂલ્યનો અભાવ.